玉溪市内河流分属珠江和红河两大水系，有高原断陷湖泊抚仙湖、星云湖和杞麓湖。

抚仙湖横跨澄江、江川和华宁三县区，是我国最大的深水型淡水湖泊、最大的I类淡水生态大湖，水域面积216平方公里，平均水深95米，蓄水量206亿立方米，是滇池的12倍、洱海的6倍，水资源总量占全国湖泊淡水资源总量的9.16%，是全球少有的I类水质湖泊，被列为全国8个水质良好湖泊生态环境保护试点之一，是全国江河湖泊生态环境保护重点。

星云湖在江川区境内，湖面面积34平方公里，平均水深7米，容量1.84亿立方米。

杞麓湖在通海县境内，湖面面积36.4平方公里，平均水深4米，容量1.82亿立方米。